De voorgeschiedenis van de huidige Mozes en Aäronkerk begint 375 jaar geleden in de Breestraat, nu de Jodenbreestraat. Franciscanen kopen er in 1641 het huis 'Moyses' – "daer Moijses inde gevel staet" – om er katholieke erediensten te houden. Sinds de reformatie is openlijke roomse godsverering verboden en zijn katholieken aangewezen op schuilkerken die gevestigd worden in woon- of pakhuizen. Het huis blijkt al snel te klein, waarna onder meer het aangrenzende pand 'Aaron' wordt aangekocht. In 1686 komt op een bouwblok van zes percelen tussen de Breestraat en de Houtgracht een ruime schuilkerk gereed. In overeenstemming met de voorschriften is vanaf de straatzijde niet zichtbaar dat achter de gevels kerkdiensten worden gehouden. De kerk wordt gewijd aan de Franciscanerheilige Antonius van Padua, maar raakt bekend onder de schuilnaam 'Mozes en Aäron'.
In de eerste helft van de 19de eeuw blijkt de oude schuilkerk niet alleen te krap maar ook bouwvallig. Nu katholieke kerkenbouw door de formele gelijkstelling van kerkgenootschappen sinds 1796 weer is toegestaan, wil pastoor Arnoldus van Giessen een nieuwe kerk bouwen op de Kloveniersburgwal. Zijn plan ketst af op bezwaren van de gemeente, waarna hij zichzelf tevreden stelt met nieuwbouw op de plaats van de oude schuilkerk. Het verkrijgen van een vergunning voor de bouw verloopt soepel, waarbij geholpen zal hebben dat de plannen bijna geheel voor eigen rekening uitgevoerd kunnen worden. De stadsbouwmeester van Brussel, Tilman-François Suys (1783-1861), krijgt opdracht om de kerk te ontwerpen. Hij tekent een neoclassicistische hallenkerk met drie beuken, twee identieke 30 meter hoge torens en een tempelportiek die steunt op vier Ionische zuilen.

Inspiratie

De kerk die tussen 1837 en 1841 aan de Houtgracht verrijst, valt op. Kerken met twee torens zijn sinds de Hoge Middeleeuwen niet meer gebouwd in Nederland. Suys heeft het niet allemaal zelf bedacht. In Een kathedraal voor Amsterdam (2003) laat Thomas von der Dunk zien dat hij schatplichtig is aan een nooit gerealiseerd ontwerp voor een Amsterdamse kathedraal uit 1827. Koning Willem I sloot in dat jaar een concordaat met het Vaticaan dat moest leiden tot herstel van de bisschoppelijke hiërarchie in de Noordelijke Nederlanden, met twee bisdommen, gezeteld in Den Bosch en Amsterdam.
Stadsbouwmeester Jan de Greef (1784-1834) ontwierp voor dit doel een basiliek met een neoclassicistische façade en twee torens op de plaats van de Waag op de Nieuwmarkt. Door de afscheiding van België in 1830 liep het herstel van de bisschoppelijke hiërarchie vertraging op. De Greefs plan belandde in een la, maar vormde wel de inspiratie voor de nieuwbouw van de Mozes en Aäronkerk. Pastoor Van Giessen kreeg inzage in het plan en was gecharmeerd van de façade met twee torens. Hij ging op zoek naar een architect die het ontwerp van de inmiddels overleden De Greef kon omwerken tot een kerk van bescheidener formaat.
Na enige geschillen tussen Van Giessen en de uitvoerders is het werk in 1841 gereed. De nieuwe kerk (aanbesteed voor de som van f 155.000,-) bestaat voor een groot deel uit lichte materialen: grenen- en dennenhout en gepleisterde baksteen. Van de 17,5 meter brede voorgevel zijn alleen de zuilen, de pilasters, de plint en het bordes van natuursteen. Het interieur is sober, al wordt door het de integratie van een groot deel van de inventaris van de eerdere kerk – waaronder het hoogaltaar met altaarstuk van de katholieke kunstschilder Jacob de Wit (1695-1754) – toch een monumentaal effect bereikt. In 1842 gaan drie panden rechts van de kerk op in een nieuwe pastorie.

Jodenhoek

De kerk valt bij tijdgenoten in de smaak. Ongetwijfeld speelt haar schilderachtige ligging daarbij een rol. De kerk is ingesloten in de huizenrij langs de Houtgracht en kijkt recht uit op de Leprozengracht. Verschillende bronnen memoreren met weemoed hoe de kerktorens zich spiegelen in het grachtenwater. De demping van beide grachten maakt daaraan een einde. Vanaf 1882 ligt de kerk aan het nieuwe Waterlooplein, dat bedoeld is als marktplein. Op last van de gemeente moeten de voornamelijk Joodse straathandelaren uit de buurt hun kraampjes van de Jodenbreestraat naar het nieuwe plein verplaatsen. De Mozes en Aäronkerk bevindt zich nu in het levendige en commerciële, maar ook arme hart van de 'Jodenhoek'.
De relatie tussen de franciscaner paters en hun voor 90% Joodse buurtgenoten is goed. Met name pater J.J. Burgmeijer is in zijn jaren (1866-1895) een graag gezien figuur in de buurt. Hij zet zich dan ook zonder onderscheid naar geloof in voor de armen. Onder zijn parochianen zamelt hij geld in voor werkloze diamantarbeiders en uit Rusland verjaagde Joden. Joodse moeders uit de buurt kunnen bij hem terecht voor wijwater, waarmee ze oogontstekingen bij hun kinderen behandelen.
Zijn goede werken voor parochie en buurt worden uitgebreid herdacht in 1891, wanneer niet alleen het kerkgebouw jubileert, maar ook Burgmeijer zelf. Ter gelegenheid van zijn gouden jubileum als priester en zilveren jubileum als pastoor van 'de Mozes', neemt een Joods buurtcomité het initiatief tot een inzameling voor een 'stoffelijk huldeblijk'. Op de avond van 8 oktober brengen 300 zangers van vier Joodse koren hem een serenade. Individuele buurtbewoners laten van zich horen met gedichten en bloemstukken: "kleine van de eenvoudige handelaartjes van Plein en Breestraat, en kostbare, door meer vermogende en notabele Israëlieten gezonden; voor enkele was meer dan 50 gulden neergeteld", aldus een later jubileumboek.
Ook voor de kerk zelf verricht pastoor Burgmeijer goede werken: hij verlicht de aanzienlijke schuldenlast die sinds de nieuwbouw op de parochie drukt en slaagt erin om middelen te vinden voor dringende restauratiewerken. Al in 1873 is het bijvoorbeeld noodzakelijk om rotte balken in het kerkgewelf te vervangen en ook in latere jaren vraagt de kerk veel onderhoud. Met name de open torens met houten opbouw blijken kwetsbaar. Een nieuwe aanwinst voor het kerkinterieur is het orgel in 1871, gebouwd door de broers Karel en Peter Adema uit Leeuwarden.

Buurt kapot

Na 1900 treedt een snelle verkrotting en verpaupering van de Jodenbuurt op. Wie het zich kan veroorloven verhuist naar nieuwe buurten in Oost en later ook Zuid. Alleen de allerarmsten blijven achter. Wethouder Monne de Miranda laat in de jaren twintig en dertig een deel van de oude Jodenhoek saneren. Ook de Mozes en Aäronkerk heeft het moeilijk. Door de leegloop van de binnenstad daalt het aantal parochianen tussen 1918 en 1928 met bijna 30%.
Er worden plannen gemaakt om de kerk te sluiten en in een van de buitenwijken midden tussen de nieuwere woningen een kleiner en 'modern bedehuis' te beginnen. Dat komt de gemeente goed uit, want die wil de omgeving van het Waterlooplein opnieuw inrichten om plaats te maken voor het toenemende gemotoriseerde verkeer. Een voorgenomen verhuizing (inclusief voorgevel) naar de Beethovenstraat gaat in 1936 niet door en ook Bos en Lommer wordt onderzocht als vestigingsplaats. Maar dan breekt de Tweede Wereldoorlog uit en komen alle plannen stil te liggen.
Het dubbele jubileum van 1941 – 300 jaar schuilkerk en 100 jaar kerkgebouw – vindt onder heel wat minder vrolijke omstandigheden plaats dan het gouden feest 50 jaar eerder. De kerk staat middenin het Juden Viertel, waar dan de eerste razzia's plaatsvinden. De gebruikelijke driedaagse viering gaat wel door en ook verschijnt er in 1942 een jubileumboek.
Na vijf jaar bezetting is de omgeving van de kerk totaal veranderd. De buurt is stukgeslagen en de Joodse bewoners zijn merendeels gedeporteerd. In de jaren vijftig pakt de gemeente haar plannen voor verbetering van de toegang tot de binnenstad weer op en besluit dat het stratenplan in de voormalige Jodenbuurt plaats moet maken voor het IJtunnel-tracé. De Mozes en Aäronkerk zelf blijft behouden, maar de bebouwing rechts van de kerk, waaronder de oude pastorie en kapel, wordt gesloopt. De kerk komt met een kale zijkant aan het in 1968 voltooide Mr. Visserplein te liggen.

Mozeshuis

De katholieke kerken in de binnenstad lopen in de tweede helft van de 20ste eeuw leeg. Een nieuwe parochieorganisatie is noodzakelijk: de 'Citykerk' in 1969. De binnenstad wordt één grote cityparochie, waar een team van gespecialiseerde priesters zich op pastorale service en maatschappelijke dienstverlening richt. Een aantal kerken sluit, maar 'de Mozes' mag blijven. De missen worden er vrij goed bezocht, ook door mensen van buiten de eigen parochie, en de kerk is inmiddels op de monumentenlijst geplaatst en opgeknapt. Binnen de cityparochie heeft de Mozes & Aaronkerk de taak om bezig te zijn op het grensvlak tussen kerk en samenleving en in te spelen op wat in de stad gaande is.
Dat doet de kerk met overgave. Begin jaren zeventig biedt zij plaats aan een theehuis, meditatietrainingen, sitarconcerten en yoga. Bij de 'theaterliturgievieringen' op zondagochtend worden volgens NRC Handelsblad (augustus 1972) "met ruim hart Jezus-people en andere wat moeilijk te definiëren godsdiensten" toegelaten. Centrum van alle activisme is het moderne Mozeshuis, links naast de kerk. Daar zit behalve de nieuwe pastorie ook een centrum voor volwasseneneducatie. Onder de achtereenvolgende coördinatoren van de stichting Mozeshuis, Gerard Heesterbeek en Jan Ruijter, wordt in cursussen en bijeenkomsten "ernstig de maatschappijkritiek beleden". Maatschappelijke groepen die vanaf het begin op het netvlies staan zijn homoseksuelen, senioren, AOW-ers en (illegale) gastarbeiders. Later komen daar aidspatiënten, werklozen, daklozen, verslaafden en vluchtelingen bij.

Faillisement

De kerkelijke kant van de werkzaamheden raakt ondertussen in het slop. Als het 250 jaar oude koor in 1971 ophoudt te bestaan, neemt het aantal missen af, tot er na 1980 helemaal geen diensten meer plaatsvinden. Ook de link met de franciscanen wordt steeds zwakker. Om haar werk te kunnen voortzetten wordt het Mozeshuis afhankelijk van gemeentelijke subsidie. Na 45 jaar luidt de afbouw van deze subsidie het einde van de stichting in. Een faillissement kan in 2014 alleen door verkoop van het Mozeshuis worden voorkomen. Het Mozeshuis komt in handen van het bisdom Haarlem en in september 2014 wijdt bisschop Jozef Punt 'de Mozes' opnieuw in als kerk. Sindsdien worden er weer reguliere missen gehouden door de Gemeenschap van Sant'Egidio, die zich inzet voor de armen, met name voor daklozen, kinderen en ouderen.